TMT（Tandem Mass Tag?）標(biāo)記蛋白質(zhì)組學(xué)
產(chǎn)品簡(jiǎn)介
TMT（Tandem Mass Tag?）標(biāo)記蛋白質(zhì)組學(xué)是一種基于體外同位素標(biāo)記的定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)，由ThermoFisher Scientific公司研發(fā)。TMT采用一系列重量不同的化學(xué)標(biāo)簽，這些標(biāo)簽?zāi)軌蛱禺愋缘亟Y(jié)合到肽段的氨基基團(tuán)上。通過(guò)這種方法，可以同時(shí)處理多個(gè)樣本，并將樣本混合在一起進(jìn)行質(zhì)譜分析。TMT技術(shù)允許多達(dá)16個(gè)不同的樣品同時(shí)進(jìn)行定量分析，因此是蛋白質(zhì)組學(xué)研究中的一個(gè)強(qiáng)大工具。
技術(shù)優(yōu)勢(shì)
1.技術(shù)成熟，應(yīng)用廣泛。
2.同時(shí)檢測(cè)多個(gè)樣品，實(shí)驗(yàn)、數(shù)據(jù)分析難度低。
3.適用于絕大多數(shù)類型組織、細(xì)胞、體液。
TMT適用條件
1.樣本類型：除糞便、腸道內(nèi)容物等雜質(zhì)極高的樣本外，基本都適用。
2.客戶樣本數(shù)量少于16個(gè)并且想盡可能多的鑒定出蛋白，優(yōu)先選擇TMT。
3.客戶樣本數(shù)量大于16個(gè)不建議TMT，優(yōu)先選擇DIA。
4.磷酸化修飾可以選用TMT，其他類型的翻譯后修飾不建議。
儀器平臺(tái)
Thermo Scientific Orbitrap Astral
服務(wù)流程
分析內(nèi)容
標(biāo)準(zhǔn)分析內(nèi)容 | |
質(zhì)控評(píng)價(jià) | 肽段離子質(zhì)量偏差分布、肽段例子得分分布、蛋白質(zhì)豐度比分布 |
蛋白質(zhì)鑒定分析 | 鑒定與定量結(jié)果統(tǒng)計(jì)；單個(gè)樣本蛋白質(zhì)鑒定結(jié)果統(tǒng)計(jì)；韋恩圖 |
差異蛋白分析 | 差異蛋白統(tǒng)計(jì)；火山圖；聚類熱圖 |
功能分析 | 亞細(xì)胞定位；GO富集分析；KEGG/Reactome通路分析；互作網(wǎng)絡(luò)分析； |
個(gè)性化分析 | 與客戶協(xié)商后按實(shí)際情況執(zhí)行 |
送樣建議
樣本類型 | 推薦起始量 | 建議樣品處理流程 |
細(xì)胞 | >1×107
| 貼壁細(xì)胞 1.傾掉培養(yǎng)基，用PBS清洗3次，加入胰酶； 2.消化好的細(xì)胞轉(zhuǎn)入EP管，室溫3000 g離心5 min，棄掉上清； 3.PBS清洗3次，上清吸凈，細(xì)胞沉淀立即-80℃冰箱儲(chǔ)存。 或者 1.傾掉培養(yǎng)基，用PBS清洗3次后加入裂解液； 2.細(xì)胞刮刮細(xì)胞培養(yǎng)板，收集細(xì)胞裂解液，立即-80℃冰箱儲(chǔ)存。
懸浮細(xì)胞 1. 3000×g離心5min收集細(xì)胞沉淀； 2.PBS清洗3次，立即-80℃冰箱儲(chǔ)存。 |
動(dòng)物組織 | >30mg | 1.取目標(biāo)部位組織，迅速取材且大小均一，將組織切成0.5cm左右的小塊； 2.組織小塊浸入PBS，洗掉組織中殘留的血； 3.用無(wú)塵紙吸凈表面的液體，立即-80℃冰箱儲(chǔ)存。 |
植物組織 | >100mg | 1.選取干凈的目標(biāo)部位組織，迅速取材且保證取材均一；將組織剪成0.5cm左右的小塊； 2.組織立即-80℃冰箱儲(chǔ)存。 |
微生物 | >50mg | 1.收集菌體培養(yǎng)物，3000g離心5min，棄掉培養(yǎng)基； 2.PBS清洗3次，保留細(xì)菌沉淀，-80℃冰箱儲(chǔ)存。 |
血清/血漿 | >100μL | 血清 取普通采血管收集血液，室溫靜置，上層洗出的液體即為血清。 血漿 取抗凝采血管收集血液，使血液與管壁充分接觸，1000×g 4℃離心10-15min,上層即為血漿。 |
結(jié)果展示
案例分析
西湖大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院郭天南課題組與合作團(tuán)隊(duì)在Cell在線發(fā)表了題為：Multi-organ Proteomic Landscape of COVID-19 Autopsies的研究論文，繪制了2020年初因新冠肺炎去世的患者體內(nèi)多器官組織樣本中蛋白質(zhì)分子病理全景圖。該團(tuán)隊(duì)收集了19例新冠去世患者的肺、脾、肝、心臟、腎臟、甲狀腺和睪丸等七種器官的組織樣本，基于TMT標(biāo)記蛋白質(zhì)組學(xué)鑒定了11394個(gè)人源蛋白質(zhì)分子，這是在全球范圍內(nèi)初次從蛋白質(zhì)分子水平上，對(duì)新冠患者多個(gè)關(guān)鍵器官針對(duì)新冠病毒感染做出的響應(yīng)進(jìn)行了詳細(xì)和系統(tǒng)的分析，為臨床工作者和研究人員制定治療方案、開(kāi)發(fā)新的藥物及治療方法提供了線索和依據(jù)。
